1、抗菌作用，它具有广谱抗菌作用、是消炎杀菌、软化血管的首选药物。尤其对痢疾杆菌、肺炎双球菌、葡萄球菌有抑制作用，对关节炎有较好的抑制作用。
2、抗癌作用：木瓜中的sod(sod为超氧化物歧化酶的英文缩写)活力极高，具有抗衰老、抗癌、调节免疫力和防辐射的作用。
3、护肝作用：它能有效地降低转氨酶，促进肝细胞再生，防止肝硬化，是当今最有效的治疗肝病的药物之一。同时还具有强心、利尿、降血脂、提高免疫力的功能。
4、抗疫杀虫。番木瓜碱和木瓜蛋白酶具有抗结核杆菌及寄生虫如绦虫、蛔虫、鞭虫、阿米巴原虫等作用，故可用于杀虫抗痨。