有机肥发酵原理槽式发酵：它利用生物学特性结合机械化技术，利用自然为生物或接种微生物将牛粪完全腐熟并将有机物转化为有机质，二氧化碳与水，这种方法发酵时间短，一般15天左右就能使牛粪完全发酵腐熟，而且易实现工厂化规模生产，不受天气季节影响，对环境造成的污染小，有利于牛粪有机肥的商品化生产。根据设备不同，发酵槽的宽度一般为3-20m,深度一般为0.8-1.5m,长度在50-100m,可根据实际情况设计。
条垛式发酵：条垛式堆肥发酵是将原料混合物堆成长条形的堆或条垛，通过人工或机械的定期翻堆配合自然通风来维持堆体中的有氧状态，在好氧条件下进行发酵分解。垛的断面可以是梯形，不规则四边形或三角形。条垛式堆肥发酵是将物料铺开成行，在露天或棚架下堆放，每排物料宽2-3m,高1-1.5m左右，长度根据实际情况而定，物料堆下面可装置通气管道，也可不装通气设施。
发酵相关条件
1.含水量：污泥物料的含水量一般保持在65-75%，含水量过大，物料间隙含氧不能满足微生物菌对氧的需求初期发酵需采用基质发酵法工艺。
2.氧量和温度：好氧堆肥的实际通风时间根据堆温测量控制。初期可以减少翻堆次数有利于堆温升高，当温度升高到701摄氏度左右时，要及时翻堆，使堆温不至于超过70摄氏度。701摄氏度以上时，一些微生物呈孢子状态，发酵剂功能微生物的活性几乎为零。
3.ph值：在堆肥过程中，物料的ph值会随着发酵阶段的不同而变化，Ph值在5.5-7.5之间对堆肥无大影响，偏离此范围，要对物料进行调节。
4.C/N比：一般控制在25左右，不合适要掺入其他物料调节。
5.团粒度：用设备控制在15-30毫米为宜，随物料发酵进程团粒度变小。